Распределение физиологических групп организмов в зависимости от рН среды согласуется с гидрохимическими характеристиками природных вод, описываемых в координатах Eh - рН. Границами поля служит устойчивость воды, определяемая выделением из нее кислорода при высоком Eh и водорода при низком Eh. Окислительно-восстановительные условия характеризуются значением Eh, связанным с доминирующей в данных условиях окислительно-восстановительной парой. Поскольку микроорганизмы получают энергию от окислительно-восстановительных реакций, возможность их развития зависит от Eh среды. В координатах Eh - рН для веществ вычислены термодинамические поля устойчивости. Хемотрофный организм может развиваться в области термодинамической устойчивости продукта реакции катаболизма и метастабильности субстрата. Отсюда следует приуроченность организмов к соответствующим полям в координатах Eh-pH.
Главными восстановителями в природных условиях являются Н2 и H2S, образуемые самими организмами; главным окислителем служит образуемый оксигенными фототрофами О2. Организмы,
110
развивающиеся в областях высокого содержания H2S, иногда обозначают как тиофилъные.
Наиболее важным является разделение микроорганизмов на физиологические группы по отношению к кислороду. Аэробы нуждаются в кислороде для дыхания. Среди них облигатные аэробы используют только О2 как акцептор электрона. Микроаэрофилы требуют при этом пониженной концентрации О2. Факультативные анаэробы могут переходить от дыхания кислородом к анаэробиозу. Анаэробы подразделяют на облигатные и аэротолерантные. Обладая метаболизмом только анаэробного типа аэротолерантные анаэробы могут расти в присутствии воздуха. Облигатные анаэробы чувствительны к токсическому действию О2 и не только развиваются в условиях аноксии, но и требуют восстановительной обстановки.
Следует заметить, что все аэробы относятся к организмам, трофически зависящим от оксигенных фотосинтетиков, но этот факт маскируется большим резервуаром О2 в воздухе, накопившимся за последний 1 млрд лет до концентрации 21% в атмосфере. Варьируя в зависимости от температуры, в равновесии с воздухом при температуре 25 °С находится 8 мг/л или 0,25 мМ растворенного О2. Бактерии используют именно растворенный О2, и поэтому зависят от обмена водной среды своего обитания с воздухом. Определяющим для аэробов служит транспорт газов между атмосферой и водой. С другой стороны, поскольку О2 образуется при фотосинтезе, аэробные организмы, если они находятся в непосредственной близости от водорослей или цианобактерий, периодически в дневное время могут оказываться в условиях 100%-ного содержания О2.
Токсичность кислорода определяется его реакционно-способными формами. Наиболее активной формой является синглетный кислород, *О2. Его высокая реакционоспособность приводит к неконтролируемым реакциям окисления, которые могут разрушить компоненты клетки, но могут приводить и к окислению устойчивых веществ, таких как лигнин. Для гашения действия синглетного кислорода организмы образуют антиоксиданты, например, каротиноиды с цепью чередующихся двойных связей. Поэтому организмы, развивающиеся на ярком свету, например,
111
в высокогорных лишайниках, часто ярко окрашены. Токсическое действие света нередко обусловлено фотохимическим образованием токсичных форм кислорода, особенно радикала гидроксила. При дыхании происходит последовательное восстановление молекулы О2:
О2 + е- = О2" - супероксид,
образуется при окислении флавинами, флавопротеинами, хинонами, тиолами, железосерными белками; разлагается супероксиддисмутазой (СОД) по реакции:
2O2- + 2Н+ = Н2О2 + О2;
О2- + е- + 2Н+ = Н2О2 - перекись водорода,
разлагается пероксидазами, например, по реакции
Н2О2 + НАДН2 = 2Н2O + НАД+
или под действием каталазы разлагается с выделением О2 по реакции:
2Н2О2 = 2Н2О + О2;
Н2О2 + е- = Н2О + ОН* - радикал гидроксила,
неэнзиматический окислитель, восстанавливается до воды:
ОН* + е- + Н+ = Н2О
Восстановление О2 осуществляется под действием ферментов оксидаз с наиболее важной из них цитохромоксидазой, представленной цитохромами а, о. Вовлечение кислорода в реакцию окисления веществ обусловлено действием ферментов оксигеназ, реагирующих либо с обоими атомами в молекуле О2, как диоксиге-назы, либо лишь с одним, как монооксигеназы, и использующих для преодоления барьера активации внутренний восстановитель, например, НАДН. Под действием монооксигеназ один атом О2 дает воду, а второй - гидроксильную группу (-ОН), например, при окислении углеводородов.
Неполностью восстановленные соединения кислорода токсичны вследствие высокой реакционной способности, и такие интермедиаты в клетке подлежат детосикации с использованием серии ферментов, как супероксиддисмутаза (СОД), пероксидаза, каталаза. Токсичность О2 для организмов, не обладающих такими ферментами, обусловлена формированием реакционноспо-собных интермедиатов и вызывает гибель облигатных анаэробов на воздухе. Токсические свойства соединений кислорода реализуются в пищеварительной вакуоли фагоцитов, где генерируются
112
перекись водорода, синглетный кислород *О2 , а миелопероксидаза продуцирует гиперхлорид НСlО.
Озон O3 высокотоксичен, и озонирование воды употребляется в питьевом водоснабжении, а Н2О2 представляет известное обеззараживающее средство.
Таким образом, облигатные аэробы не только используют О2 как наиболее выгодный окислитель, но и вынуждены защищаться от токсичных продуктов его восстановления. Обычным тестом на аэробность служит определение наличия каталазы по разложению Н2О2 суспензией бактерий с выделением пузырьков кислорода. Микроаэрофилы не обладают такой мощной защитной системой, но зато имеют высокое сродство к О2, что позволяет им развиваться в области низкой концентрации, менее 1 мг/л, и полностью удалять кислород из среды. Типичным примером микро-аэрофилов могут служить водные спириллы. Аэротолерантные анаэробы способны защищаться от действия О2, не образуя его токсических форм. Факультативные анаэробы способны переходить от одного типа обмена к другому, и эта группировка организмов имеет преимущества в условиях резких суточных колебаний О2, например, в плотных массах водорослей. Результатом деятельности всех групп аэробов является удаление О2 из среды их обитания. Поэтому внутри агрегатов аэробов создаются бескислородные условия - аноксия.
Использование кислорода как универсальный терминальный механизм в получении энергии позволяет свести функциональное разнообразие аэробов к вариациям в подготовительном механизме, который обеспечивает восстановление внутриклеточных акцепторов, как НАД или сукцинат, способные реагировать с электронтранспортной цепью. Отсюда универсальность механизмов дыхания распространяется и на цикл трикарбоновых кислот (ЦТК).
Однако использование О2 влечет за собой и ряд ограничений. К ним следует отнести следующие:
- - зависимость от продукции О2 оксигенными фототрофами;
- - зависимость от резервуара О2 в воздухе и, соответственно, приуроченность к местообитаниям, находящимся в контакте с атмосферой;
- - малая растворимость О2 в воде, особенно при повышении температуры, создает концентрационные ограничения;
113
- - исчерпание О2 переводит систему в состояние анаэробиоза;
- - поступление CO2 зависит от его транспорта из воздушного резервуара с замедлением диффузии в водной среде по сравнению с газовой в тысячу раз. В результате ключевым условием для развития аэробов становятся транспортные ограничения.
Зависимость аэробов от оксигенных фототрофов приводит к тому, что те из них, которые развиваются в непосредственной близости от продуцентов, должны обладать способностью выживать при 100%-ном насыщении воды пузырьками CO2, т.е. в условиях гипероксии. Поэтому естественно, что большинство аэробных бактерий относится к довольно узкой филогенетической группировке части протеобактерий и грамположительных бактерий с точкой ветвления, близкой к цианобактериям. Остальные ветви, за исключением планктомицетов и цитофаг, представлены преимущественно анаэробами.
114